في المقابل، لم تغير توجيهاته شيئا بالنسبة إلى موقف الكنيسة من مثليي الجنس، وهو الموضوع الذي شهد جدلا واسعا، لكنه كان شبه غائب من الوثيقة التي هي نتيجة مجمعين كبيرين حول العائلة عقدا خلال السنتين الماضيتين. وترفض الكنيسة الكاثوليكية الاعتراف بزواج المثليين. وفي "الإرشاد الرسولي" الذي تضمن خلاصة ما توصل إليه سينودوس 2014 وسينودوس و2015، لبى البابا جزئيا ما كان ينتظره المطلقون الذين تزوجوا مرة ثانية، من خلال الدعوة إلى إدماجهم في الكنيسة ورفض إدانتهم. ولم تتطرق الوثيقة الطويلة المؤلفة من 260 صفحة والمخصصة للعائلة والزواج بعنوان "فرح الحب"، بصورة مباشرة إلى مسألة المناولة التي تعتبر ذروة الليتورجيا الكاثوليكية، وتعد المطلب الأساسي للكاثوليك المتزوجين مدنيا بعد طلاق. وجاء في الوثيقة أن الأزواج المختلفي الجنس الذين يعيشون المساكنة أو تزوجوا مدنيا يمكن أن يكونوا أيضا "علامات حب" يجب أخذها في الاعتبار، عندما يبلغون "استقرارا ثابتا عبر علاقة علنية" أو عندما يتسم زواجهم "بعاطفة عميقة". وخصصت الوثيقة فقرتين فقط للمثلية الجنسية، فتطرقت إلى ضرورة إحاطة العائلات "التي يظهر أحد أفرادها ميولا مثلية".